Depois
de ser separado dos seus amigos, Sora vagou por um longo caminho com
Donald e Pateta, procurando uma maneira de encontrar Riku e Mickey,
encontrando Pluto pelo caminho. Quando chegam a uma encruzilhada e
resolvem parar por ali, um misterioso homem com um longo manto preto
encapuzado aparece e informa que “em frente está algo que precisas, mas
para o teres, precisas perder algo querido”. O homem desparece e resta
um caminho. O trio segue o caminho que os leva a um misterioso forte
conhecido como Castelo do
Esquecimento. Eles entram no castelo esperando arranjar algumas pistas
sobre o paradeiro dos seus amigos, apenas para descobrir que à medida
que vão subindo pelos andares do forte, mais memórias eles perdem e mais
incertos eles se tornam.
Mal sabem eles que as suas memórias estão a ser manipuladas por uma misteriosa organização que pretende capturar e manipular Sora. Para isso, usam Naminé,
uma jovem bruxa que consegue reorganizar as correntes das memórias e
formar novos elos. Para fazer Sora esquecer-se de Kairi, Naminé começa a
substituir as suas memórias de Kairi por ela própria. Enquanto isso, um
conflicto entre os membros da Organização leva a vários encontros entre
Sora e Riku, de quem as memórias de Kairi também foram substituídas com
aquelas contendo Naminé.
A incerteza deles cresce até ao ponto em que eles acabam na Twilight Town(Cidade
do Crepúsculo), um sítio que Sora tem a certeza que nunca visitou, por
isso não deveria existir na sua memória. O membro da Organização número
4, Vexen, revelou que aquele lugar existe no outro lado do coração de
Sora, mas é eliminado por Axel, o oitavo membro da Organização, antes
que consiga explicar alguma coisa.
Axel
acaba por trair Marluxia, o Lorde do Castle Oblivion, revelando que
Marluxia e Larxene, os mais novos membros do seu grupo, queriam usar
Sora para derrubar a Organização. Axel manipulou Naminé a fazer o que
ela achava certo. Ela revelou a Sora que ela nunca existiu nas memórias
dele e que ela tem estado a substituir a pessoa mais importante para
ele. Riku aparece outra vez e é derrotado por Sora. Quando Sora tenta
ajudar o magoado Riku, ele ataca Sora. Naminé usa o seu poder para
quebrar a memória de Riku, e isso fá-lo tombar. Larxene vem para
eliminar Sora e Riku, que é revelado ser afinal uma réplica do Riku
real, criado por Vexen.
Sora
derrota Larxene e perdoa Naminé, arrependida pelas suas acções. Ela
promete restaurar as memórias do trio quando eles chegarem ao 13º piso
do Castle Oblivion, onde Marluxia está à espera deles. Quando Marluxia é
derrotada, Naminé pede para eles entrarem nas máquinas que irão
reorganizar as suas memórias à forma como eram, mas para isso terão de
quebrar os elos que Naminé criou. Apesar de saberem que irão esquecer
Naminé, Sora promete que apesar de ela estar esquecida, ela permanecerá
no seu coração, nunca perdida.
